招标文件质疑函可以由招标人回复，也可以由招标代理机构回复。

具体由哪个单位回复要看招标文件中的关于质疑回复的条款是如何规定的，一般招标人在聘请招标代理机构后，会将关于招投标的所有事项全部委托给招标代理机构负责，所以大多数的质疑回复都是由招标代理单位来回复。