鄂尔多斯国际机场共运营航线51条，通达国内43个城市，分别为北京、杭州、郑州、深圳、三亚、广州、上海、昆明、哈尔滨、西安、南昌、珠海、长春、兰州、济南、武汉、成都、长沙、南京、南阳、石家庄、邯郸、温州、济宁、厦门、沈阳、重庆、桂林、太原、西宁、青岛、大连、合肥、银川、呼和浩特、香格里拉、淮安、张家界、临沂、乌兰浩特、日照、天津、乌海。