巢湖学院有13个二级学院，开设专业名单如下：国际经济与贸易（跨境电商方向）、法学专业、金融工程专业、互联网金融专业、英语专业、商务英语专业、电气工程及自动化专业、电子信息工程专业、电子科学与技术专业、物理学专业、应用统计学专业、数学与应用数学专业、美术学专业、视觉传达设计专业、环境设计专业、音乐表演专业等。