质粒是原核细胞和部分真核细胞的细胞质的小型环状DNA分子，常用做基因工程中的运载体。而噬菌体是一种专门寄生在大肠细胞中的细菌病毒。是由蛋白质外壳和DNA分子组成。质粒是DNA分子，而噬菌体则是一个生命。虽然都不大，但差别很大。