蜥蜴依靠视觉来生存，它们的眼睛很发达。大多数蜥蜴拥有比人类更强大的颜色识别能力，有些蜥蜴会利用颜色进行交流和决策，有些蜥蜴甚至可以在非常昏暗的光线下看到颜色。

在一些蜥蜴种类中，它们的一些视锥细胞被校准为能看到紫外线。与夜行性鸟类牺牲色彩来保证夜视能力不同，爬行动物在暗光下仍然会使用三组视锥细胞来观察周围环境。比如，头盔守宫能够在与昏暗的月光下分辨出灰色和蓝色。

许多蜥蜴都有第三只眼睛，位于头顶。称为顶眼，这只眼睛非常简单，主要功能是确定光线水平。研究表明，一些蜥蜴的顶眼甚至能够看到两种不同的颜色：绿色和蓝色。这使得蜥蜴能够根据日光的颜色变化而感知一天的流逝。