首先是地位不同。直属单位的地位略低于组成部门。地方各级政府下属工作部门与直属单位，与国务院的组成部门与直属单位基本上存在对应的关系。

其次是人事任命方式不同。直属机构指的是各总局、总署，国务院有权根据需要自行决定这些部门的设立及其首长人事任免事务等事项。

然后是管理方式不同。组成部门管理机构，由于有些事务需以国家名义行使，无必要设立直属机构。