区别主要有以下几点：

第一、对象不同：工商年报又称工商年检，是在市场监督管理局登记的主体在工商网站报送企业生产经营信息并公示的行为。年报是企事业单位编制年度经营财务报表的过程。

第二、作用不同：前者是市场监督管理部门主导，反映企业经营状况。后者是企业年度财务决算报表。