高尔基体是嗜碱性，溶酶体是嗜酸性，滑面内质网多胞质呈无色、淡染、空泡状，例如类固醇分泌细胞。

含DNA、RNA较多的细胞器一般呈嗜碱性染色，如核糖体、粗面内质网、高尔基复合体，所以蛋白质分泌细胞多呈嗜碱性染色，例如成纤维细胞和浆细胞。

嗜酸性的细胞中含溶酶体和线粒体多胞质呈嗜酸性，例如巨噬细胞。

细胞质中的其它蛋白质如红细胞中的血红蛋白、嗜酸粒细胞的颗粒及胶原纤维和肌纤维等被酸性染料染色。