贝加尔湖的植被是典型的温带森林草原植被，森林覆盖率达70%，分布在海拔500~1，100米之间，优势树种为西伯利亚落叶松、西伯利亚红松和欧洲赤松。

在相同的海拔高度上还分布着以针茅、羊茅为优势的羊草草甸随着海拔升高，出现亚高山草甸和山地苔原，而在森林草甸之间的湖滨带则出现以莎草科、毛茛科、蔷薇科植物为主的沼泽草甸，野花杂草品种繁多，数不胜数。