广东医科大学学生入学后有1次转专业的机会。分别在第一学期开学或第三学期开学时。有区分一二本招生的省份，二本录取的专业不能转入一本录取的专业一本专业录取的学生，如学习有困难，可申请转入二本录取专业学习。

其中，第三学期转专业的学生必须在第一学年必修课程平均成绩排名在本年级本专业前10%(含10%)。

通过广东省订单定向培养农村卫生人才实施方案录取进入本校的定向培养考生免学费和住宿费，原则上不得转学及转专业。