酱油发酵过程主要是蛋白质分解成氨基酸，多肽。

同时有淀粉分解为糖的过程。

而酒类发酵主要是淀粉类原料通过微生物作用分解为糖类，然后再经过酵母作用，将糖类转化成乙醇。

所以酱油曲主要是米曲霉等产蛋白酶的微生物。

酒曲主要是富产淀粉酶的根霉或黑曲霉类微生物。