菜籽油芥酸高。菜籽油含有相对较高的芥酸，不易被人体吸收，会影响菜籽油的营养价值，因此当用菜籽油油炸时，最好加热煎锅，倒入菜籽油并长时间燃烧，一些芥酸会蒸发，或者尝试食用芥酸含量低的菜籽油。

菜籽油在不饱和脂肪酸和微量营养素方面都更优于大豆油，但是由于菜籽油其中的芥酸和芥子苷对人体的不健康作用尚没有定论，总体营养价值略打折扣。