撒哈拉沙漠的地貌主要是因风成过程而形成，偶尔也有下雨，地貌不只是平原，也包括沙丘、沙丘源、沙质荒漠、岩漠、砾漠、冰水平原、干谷及盐盘，较特殊的地貌有毛里塔尼亚的理查特结构。

在撒哈拉沙漠有一些山岭、高原及火山，包括埃尔山脉、阿哈加尔高原、撒哈拉阿特拉斯山脉、提贝斯提高原、阿德拉尔山脉及红海丘陵。撒哈拉沙漠的最高峰是位在北查德提贝斯提高原内的库西山。