因为明朝的创建者朱元璋起初把都城选在南京，所以死后他的陵墓孝陵就在南京。

但到了明成祖朱棣时，朱棣称帝以后将都城定在了北京，于是从朱棣以后的皇帝都是葬在了北京的明十三陵，而只有朱元璋的明孝陵是在南京。