雅鲁藏布江鱼类区系结构简单，主要有三大族群：裂腹鱼、高原鳅、鮡。上中游和下游的鱼类区系有着明显的不同，上中游有17种鱼类，下游有16种鱼类，上下游共有的种类仅1种。

中游鱼类结构非常简单，以裂腹鱼和高原鳅两种鱼为主下游优势鱼种为鮡科鱼类，但也有其他科属鱼类，如四须鲃属鱼类、野鲮亚科的墨头鱼属鱼类、野鲮亚科华鲮属鱼类等。