海瑞在隆庆朝最重要的事迹是巡抚应天，隆庆三年，海瑞出任应天巡抚，辖区多为江南富庶之地。这是海瑞一生中唯一一次握有实权，他在任期间，打击豪强，抑制兼并土地，兴修水利，为民解困。但由于海瑞触动到权贵的利益，遭到弹劾，仅任职半年就被罢官。