斑点叉尾鮰一般只吃蓝藻。

斑点叉尾鮰的全身都布有味蕾，其嗅觉系统也用于获取食物，它们能够感知环境中的各种氨基酸，从而区分出食物来源并对猎物做出反应。成年斑点叉尾鮰的食物对象包括蜗牛、藻类、蛇、青蛙、昆虫、水生植物，有时甚至还吃鸟类，其中45厘米以上的成年斑点叉尾鮰以黄鲈和翻车鲀幼体等鱼类为食。