1、细胞质：原核细胞的细胞质中缺少结构复杂的细胞器（只有核糖体这中细胞器） 真核细胞的细胞质中含有结构复杂的细胞器（如线粒体、叶绿体、高尔基体、内质网、核糖体、中心体、溶酶体、液泡等）

2、结构不同：原核生物结构简单，无成型的细胞核，只有拟核。 真核生物结构复杂，具有成型细胞核，细胞核有核膜和核仁。

3、转录不同：原核生物的转录与翻译在同一时间同一地点。 真核生物的转录在核内，翻译在细胞质内。