二者是不同的两个概念。章程修正案指的是对于规章制度和流程进行修正的具体方案，也就是说关于章程的具体的修订方案。章程修正案一般都是在经过评审和投票表决之后才予以通过。

修改章程指的是对规章制度的内容和流程进行修改的行为，也就是说改动规章制度和流程的行为。修改章程意味着规章制度和流程会发生对应的变动。