明孝宗朱佑樘父亲明宪宗朱见深第三子，母亲生母为孝穆纪太后。他的两个哥哥早夭，分别是：
1、朱见深长子（无名），母万贵妃，成化二年正月十九日（1466年2月4日）生，成化二年十一月薨。
2、悼恭太子朱祐极（1469年6月7日－1472年3月5日），明宪宗第二子，母贤妃柏氏。成化七年（1471年）十一月甲寅受封皇太子，成化八年（1472年）正月癸亥（3月5日）去世，追封为悼恭太子。
明孝宗朱佑樘的哥哥
根据明史亲王列传的记载，明孝宗朱佑樘的父亲是明宪宗朱见深，兄弟有
悼恭太子祐极
岐惠王祐棆 之籓德安
益端王祐槟 之籓建昌
衡恭王祐楎 之籓青州
雍靖王祐枟 之籓衡州
寿定王祐耆 就籓保宁
汝安王祐梈 之籓卫辉
泾简王祐橓 之籓沂州
荣庄王祐枢 之籓常德
申懿王祐楷 未就籓
明孝宗朱佑樘的哥哥
朱祐樘上面有一个同父异母的哥哥朱佑极（生于成化五年，母亲为柏贤妃），在成化七年（公元1471年）2岁时被封皇太子，成为宪宗皇帝的接班人，遗憾的是，朱佑极在被封为太子的第二年就去世了。
