玄奘寺和妈祖庙不是一家。因为南京市九华山玄奘寺，位于南京市主城区内玄武湖旁边的九华山上，供奉唐代高僧玄奘法师，保存有玄奘法师头顶骨舍利。而妈姐则是渔民广泛信奉的保护神，保佑渔民出海平安顺利渔获满满，福建省莆田市的妈祖庙，则是供奉妈祖的。因此，玄奘寺和妈祖庙不是一家。