柠檬鸭爪泡久了会变苦的原因是由于柠檬皮中含有苦素，泡的时间一久柠檬皮中的苦素就会被释放出来，释放到柠檬鸭爪中就会使得鸭爪吃起来有一种苦味。

且柠檬籽也是苦的，没有处理干净的话一起腌制也会使得鸭爪有苦味。

若是采用了变质或者是不新鲜的鸭爪，长时间的腌制也可能会出现苦味。