违法。财务部经理利用职务上的便利条件挪走公司39万元，有将本单位财物想非法占为己有的故意，数额在五千元至一万元以上的，都应立案追诉，更何况是巨款39万元。公司一旦发现这种情况应立即去经侦报案查处，以保公司财物不受损失。综上所述财务部经理挪走公司39万是违法的。