1、身体侧面颜色不同:南方蓝鳍金枪鱼为黑青色和深蓝色，而大目黄鳍金枪鱼中间呈明显的黄色。

2、价格不同:南方蓝鳍金枪鱼比大目黄鳍金枪鱼贵。

3、脂肪含量不同:南方蓝鳍金枪鱼的脂肪含量比其他金枪鱼高很多，大约为15%左右，大眼金枪鱼8%左右，长鳍金枪鱼7%左右，而大目黄鳍金枪鱼只有2%左右。所以蓝鳍toro的部分通常更为肥美。鱼肉的风味上也比其他两种有更多香气和回味。

4、侧鳍长度的不同:南方蓝鳍金枪鱼的鳍较短，大目黄鳍金枪鱼的鳍很长。