北庭都元帅府是元朝的。

元至元十八年（1281）置别失八里宣慰司都元帅府。元贞元年（1295）改立北庭都元帅府。治今吉木萨尔县西北。延祐时，辖境相当于今新疆乌鲁木齐、吉木萨尔、奇台、阜康、米泉等市、县地。后废。

都元帅府，官署名。元于沿边地区设都元帅府、元帅府，置都元帅、元帅等官，为地方军事长官。都元帅府，金国最高军事机构。天会三年(1125年)，始立都元帅府。此后，都元帅府成为全国最高军事机构。