《四库全书》分为经、史、子、集四大部，部下分类，类下又分子目，所以十分便于检索查阅。

且后来所成之《四库全书总目提要》中，对于各书撰写人的字号、爵里、作品的内容得失等，均有详细记载，尽管其中也存在缺点和评议中的偏颇，但却为后人的学术研究提供了极大的方便。

另外，其四部之首还各有总叙，各类又有分叙，对几千年的学术源流和发展作了概括的评述，为辨章学术、考镜源流提出了比较清晰的线索。《四库全书》体例完整，分类明确精细，也是目录学史上的一部空前巨著，具有很高的学术价值。